정부와 BT관련 업계가 세제지원 연장 문제를 놓고 서로 다른 입장만를 내세우고 있어 결과에 많은 관심이 모이고 있다. 정부는 BT산업의 연구개발 및 기술이전 촉진을 위해 기술이전소득에 대한 세액감면제도를 신설, 운영해 왔으나 올해 말로 끝나는 세액감면 일몰시한 및 감면혜택이 소수 대기업에 집중돼 있는 과세형평성 등을 들어 폐지해야 한다는 입장을 보이고 있다.

그러나 관련 업계에서는 기술이전소득에 대한 세액감면제도를 폐지한다는 것은 제약기업의 R&D 투자를 크게 위축시킬 뿐 아니라 정부가 마련한 바이오·제약산업의 차세대 성장동력산업 육성까지도 차질을 빚을 수 있다는 지적이다. 이에따라 관련 업계에서는 올해 말까지 돼 있는 일몰시한을 오는 2008년 12월 31일까지 연장해야 한다는 주장을 내놓고 있다.

조세 형평성 위배·세금잠식으로 폐지
정부는 지난 2003년 8월 차세대 성장동력산업을 정하고 이들 산업의 연구개발 및 기술이전을 촉진하기 위한 다방면의 정책지원을 약속한 바 있다. 정부는 이를 위해 조세특례제한법을 신설, 특허권 실용신안권 대통령령이 정하는 기술비법 또는 기술을 2005년 12월 31일까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득에 대해 법인세 또는 소득세의 50%를 감면해 주고 있다.

그러나 정부는 이러한 기술이전소득에 대한 세액감면제도는 그동안 충분히 상용화한 후 활용가치가 떨어진 기술을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 세제지원으로 운영돼 왔으며 이결과 사후 보조금적 성격이 강하고 감면혜택도 소수 대기업에 집중돼 과세형평을 저해하고 있다는 주장이다.

정부는 이와함께 현재 연구개발 준비단계, 설비투자단계, 비용지출단계별로 다양한 지원제도를 통해 연간 1조3천억원 수준의 조세지원을 하고 있으며 그 규모는 해마다 증가하고 있다는 것이다. 이에따라 향후 사후 보조금적 성격의 지원제도는 우선 폐지하는 한편, 위험부담이 높은 R&D 연구개발 투자단계에 대한 지원은 강화해 조세지원제도의 실효성을 제고한다는 계획이다. 또한 고도기술도입대가에 대한 조세면제는 내국인이 외국으로부터 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 경우 그 기술제공자의 조세면제를 통해 고도기술의 국내도입비용을 낮춰 내국인에게 혜택을 주기위한 것이므로 기술이전소득에 대한 세제지원 폐지가 내국인에게 불리하게 작용하지는 않는다는 것이다.

재경부 세제실 관계자는 “기술이전소득에 대한 세액감면 혜택을 받는 기업의 90%이상이 대기업에 편중돼 있어 중소기업의 기술보존 등을 위한 법안신설 목적 및 조세형평성에도 어긋난다”며“일부 업계의 어려움이 예상되기도 하지만 매년 1천여억원의 세금이 잠식되는 부작용이 있는 만큼 법안의 폐지를 위해 국회에 상정해 놓은 상태”라고 말했다.

R&D투자 의욕 위축 등 연장 필요
제약업체 등 관련 업계에서는 정부의 기술이전소득에 대한 조세지원 중단은 기업의 R&D 투자 의욕을 크게 떨어뜨릴 수 있어 세액감면제도에 대한 일몰제 적용을 폐지해 세액감면을 오는 2008년 12월 31일까지 연장해야 한다는 주장을 내놓고 있다.

생명과학 산업의 경우 특성상 막대한 자금과 오랜 연구기간이 필요하고 제품상용화 이전 기술수출이 발생하고 있다는 점을 들어 기술이전 소득감면은 개발실패위험이 상존하는 기술개발에 투자유인 효과를 톡톡히 하고 있다는 것이다. 특히 신약개발의 경우 평균 연구기간 15년, 투자비용 8억달러가 들어가는 데 반해 연구개발 프로젝트 중 약 0.01~0.02%만이 성공하는 것을 볼 때 기술이전 소득감면은 연장돼야 한다는 주장이다.

뿐 만 아니라 국내 개발 기술이 활용되지 못하고 방치되는 비율이 70~80%에 달하고 있어 기술이전에 대한 적극적인 지원이 필요하다는 논리를 내세우고 있다.(표 참조) 이와함께 외국인으로부터 고도 기술 도입 시 기술제공자가 받는 기술도입대가에 대해서는 5년 동안 법인세 또는 소득세를 전액 면제하고 있어 국내기업에 대한 역차별이라는 의견도 제기하고 있다.

김정수 한국제약협회 회장은 “기술이전소득에 대한 세제지원은 제약기업과 바이오벤처기업의 연구개발투자비로 되돌아가는 종자돈 성격이 커 향후 산업육성효과가 많다”며“이 제도가 폐지되면 BT 강국으로의 길이 그만큼 멀어 질 것”이라고 우려했다. 또 김 회장은 “기술이전소득에 대한 세액감면제도가 없어지면 제약기업의 R&D 투자가 크게 위축돼 바이오·제약산업을 차세대 성장동력산업으로 육성하려는 정부 계획이 차질을 빚을 수도 있다”고 설명했다.

이와함께 김 회장은 “바이오산업의 핵심으로 주목받고 있는 제약산업은 기업규모의 영세성과 신약개발 인프라 부족으로 신약개발과정에서 선진국으로의 기술이전이 불가피한 실정”이라고 강조했다.

기술이전료 인정 시기가 문제
표면상으로는 정부와 관련업계가 기술이전소득에 대한 세액감면제도의 일몰시한을 놓고 대립각을 세우고 있으나 속내를 들여다보면 세액감면제도의 적용시점에 대한 적법성과 현실성 사이에서 논란을 빚고 있는 것으로 전해지고 있다.

재경부는 향후 세제정책과 관련, 기존에 세감면 및 세제지원의 대상을 차츰 소멸한다는 큰 틀을 세워놓고 세제감면을 받았다고 인정되는 경우부터 우선적으로 소멸해 나간다는 것이다. 이에따라 올해 말까지 일몰되는 기술이전지원소득에 대한 세액감면의 경우 국내업체가 해외업체와의 계약기간에 관계없이 올해 말까지만 받은 기술이전료만 인정한다는 방침을 세워놓고 있다. 이에대해 법학 전문가들은 소급적용에 대한 적법성을 벗어나지는 않는다는 주장이다.

이에 L사 관계자는 “신약 개발의 경우 초기 투자비용이 만만치 않을 뿐 더러 이를 입증할 임상단계에서의 비용 부담이 매우 크다”며“이에따라 임상단계부터 해외업체와의 전략적 제휴를 통한 장기적인 계약이 이뤄지는 경우가 많다”고 말했다. 이에따라 L사 관계자는 “세액감면제도의 일몰시한을 인정한다고 하더라도 계약기간이 상당기간 남아 있는 상태에서 올해 말까지만 입금된 기술료까지만 세액감면 대상으로 인정한다는 것은 법의 적법성에는 아무런 문제가 없다고 해도 정부의 BT산업 육성의지에 의구심을 갖게 될 수 밖에 없다”고 주장했다.